北京大學醫學出版社(Peking University Medical Press)成立于1989年8月，是中央級專業出版社，也是教育部直屬的重點大學出版社。前身為北京醫科大學、中國協和醫科大學聯合出版社；1999年3月獨立建社，更名為北京醫科大學出版社；2002年8月經新聞出版總署批準，更名為北京大學醫學出版社。

北京大學醫學出版社建社以來，共出版醫學圖書2000余種，發行1800余萬冊。近70余種圖書獲部、委以上獎，其中《血管生物學》、《消化系統疾病電子內鏡圖譜》獲“中國圖書獎”，《科學防治 戰勝非典》獲第六屆國家圖書獎特別獎，《泌尿外科內鏡診斷治療學》獲中華優秀出版物（圖書）獎。被國家教育部確立為“先進高校出版社”；曾經三次被國家新聞出版總署評為“全國良好出版社”；三次被國家衛生部評為“杰出科技著作突出貢獻出版社”。

北京大學醫學出版社建社以來，始終堅持為社會主義服務，為人民健康服務，為醫學教育、科研和醫療衛生服務的辦社宗旨，出版物以高質量、高品位、高水平、多層次著稱，贏得了作者、讀者以及出版界業內的認可。

共出版醫學圖書2000余種，發行1800余萬冊。