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大麥全基因組WRKY基因家族生物信息學(xué)分析
關(guān)鍵詞：vulgare 轉(zhuǎn)錄因子 wrky系統(tǒng) 進化分析
摘要：WRKY基因家族是一類含有WRKY保守結(jié)構(gòu)域的轉(zhuǎn)錄因子,參與植物眾多生理生化過程,在植物生長發(fā)育、代謝以及脅迫應(yīng)答等過程中發(fā)揮重要作用。目前,已在多種植物中對WRKY轉(zhuǎn)錄因子進行了系統(tǒng)鑒定和分析,但是還未見有大麥WRKY基因家族系統(tǒng)篩選和鑒定的報道。本研究利用最新的大麥基因組數(shù)據(jù),經(jīng)生物信息學(xué)鑒定共得到98條大麥WRKY轉(zhuǎn)錄因子,其編碼蛋白質(zhì)序列長度為117~676 aa。有91條可以定位到大麥7條染色體上并呈不均勻分布,3H染色體上分布最多達25條,6H上最少僅有5條。通過系統(tǒng)進化分析,大麥98個WRKY轉(zhuǎn)錄因子根據(jù)其保守結(jié)構(gòu)域可分為Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ組,各組分別有10個、52個和36個成員,其中Ⅱ組可進一步分成Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e 5個亞組。保守基序分析表明,大麥的20個保守基序中,有6個為WRKY結(jié)構(gòu)域的保守基序,各組內(nèi)部成員擁有一致的保守基序。本研究可為進一步開展大麥WRKY基因的發(fā)掘與功能驗證提供科學(xué)依據(jù)。
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