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豫北塞尼卡谷病毒VP1基因的擴增和序列分析
周玲玲; 林正丹; 時志琪; 馬園園; 張慢 安陽工學院生物與食品工程學院; 455000; 河南省動物疫病防控與營養免疫院士工作站; 455000; 河南省獸用生物制品研發與應用國際聯合實驗室; 455000
關鍵詞：塞尼卡谷病毒 vp1蛋白 遺傳進化分析
摘要：塞尼卡谷病毒(Seneca Valley virus,SVV)是一種新發的豬病毒病,在我國豬群中已形成一定的流行性。本文首先對豫北一豬場發生水泡癥狀的豬進行病料采集,然后提取病毒RNA,通過反轉錄和PCR擴增到SVV的VP1基因,并對其進行測序。通過MegAlign軟件對VP1基因序列進行遺傳進化分析,利用在線生物信息學軟件預測VP1蛋白的信號肽、核定位信號和B細胞表位。結果表明:豫北毒株與一株美國毒株USA-IA44952(登錄號為KU954090.1)的核苷酸同源性最高,與SVV-001毒株核苷酸同源性最低(登錄號為DQ641257.1),VP1蛋白沒有信號肽序列,沒有核定位信號,有8個B細胞線性抗原表位。
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