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基于高通量測序的棉花InDel標記開發及其應用
關鍵詞：棉花 重測序 indel標記 品種鑒定
摘要：【目的】獲得可以用于棉花品種鑒定和純度檢測的二態性InDel標記,提高棉花種子的檢驗精確度和效率,為棉花的分子育種發揮作用。【方法】基于來源不同的121份棉花全基因組信息,根據高多態性信息含量篩選多態性高的InDel位點,開發二態性InDel標記,并在我國66個棉花品種的遺傳距離分析和聚類分析中進行應用。【結果】基于121份棉花的二代測序數據獲得10967個InDel位點,合成了85對InDel引物,選擇其中有效引物64對,其中At亞組的特異引物35對、Dt亞組特異引物29對,At、Dt亞組染色體的平均最小等位頻率分別為0.45、0.32,多態信息含量分別為0.49、0.40;所用的66個棉花品種的遺傳距離范圍是0.04~0.65cM(厘摩),平均為0.39cM,遺傳距離最大的2個品種是泗棉3號和中棉所36,遺傳距離最小的是徐棉18和徐雜3號。【結論】開發的64個棉花二態性InDel標記能有效地通過揭示品種間的遺傳距離反映品種之間的親緣關系,區分來源不同的棉花品種,具有一定的理論意義和應用價值。
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