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弓形蟲乳酸脫氫酶2結構與功能的生物信息學分析
關鍵詞：弓形蟲 乳酸脫氫酶 生物信息學 免疫診斷 疫苗
摘要：目的預測在NCBI Protein文庫中登錄號為AAC46863的弓形蟲乳酸脫氫酶2(LDH2)蛋白序列的結構和功能特征及其在免疫診斷和疫苗研究方面的應用前景。方法利用NCBI和ExPaSy等生物信息學網站在線分析工具和MEGA7及Vector NTI等軟件包,分析弓形蟲LDH2的理化性質、結構與功能特征。結果在線軟件ProParam分析該蛋白由326個氨基酸構成,平均親水系數(GRAVY):0.095,可能為疏水性蛋白。SignalP 4.1 Server預測無信號肽,為非分泌型蛋白。NetPhos 3.1預測該蛋白有21個磷酸化位點,其中絲氨酸磷酸化位點14個,蘇氨酸磷酸化位點6個,酪氨酸磷酸化位點1個。經Vector NTI軟件包多序列比對,發現弓形蟲有一段特異于人、鼠、牛等其他物種的氨基酸序列TGMPEGKALD。分別用ABCpred Prediction Server、SYFPEITHI軟件預測該段特異序列很可能為線性B、T細胞表位。結論弓形蟲LDH2存在較多的磷酸化位點以及一段特異的氨基酸序列,且該段特異氨基酸序列很可能為線性B、T細胞表位,提示LDH2在弓形蟲病的免疫診斷和疫苗研究方面有較好的應用前景。
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