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四川山鷓鴣基因組中內源性逆轉錄病毒的分析
鄭帥; 周闖; 范振鑫; 李靜; 岳碧松; 孟楊 生物資源與生態環境教育部重點實驗室; 四川大學生命科學學院; 成都610065; 四川大學自然博物館; 成都610065
關鍵詞：四川山鷓鴣 基因組 內源性逆轉錄病毒 內源性逆轉錄病毒家族 內源性逆轉錄病毒年齡
摘要：內源性逆轉錄病毒(ERV)是插入到宿主基因組中的、可以穩定遺傳的病毒基因組,能夠在宿主體內表達和復制,調節插入位點附近的基因表達,以及抑制同源病毒的感染。從四川山鷓鴣Arborophila rufipectus基因組中確定了3 962個全長ERV拷貝,其中4個具有完整的結構,72個具有自我復制的能力,554個含有gag、pol或env基因所編碼的蛋白質結構域。根據逆轉錄酶序列的相似性,確定了7個ERV家族,并依據與其他物種的相似性對家族進行了命名。其中,AruERV-L包含122個ERV拷貝,為拷貝數最多的家族。7個ERV家族的年齡分布在0~12百萬年,其中AruERV-K1是最年輕的家族,其約86%的拷貝年齡在1百萬年以內。
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