1986年11月，新疆教育出版社高校教材部及其編輯人員全部劃歸新疆大學，成立新疆大學出版社。新疆大學出版社的主管單位為新疆維吾爾自治區教育廳，主辦單位為新疆大學，目前為事業單位獨立法人。

新疆大學出版社是新疆維吾爾自治區惟一的一所大學出版社。新疆大學出版社立足新疆，面向中國，竭誠為新疆高等院校的教學和科研服務，重點編輯出版高校教材、教學參考書和學術著作等，同時積極出版反映新疆科研成果、具有新疆地區與民族特色和學科特點的專著及其他圖書。

2007年10月14日至26日，新疆大學出版社組織員工去南疆五地州進行調研，考察當地“東風工程”、“農家書屋”及雙語教育的實施情況等，并調研了南疆諸高校一些地方、民族特色教材的開發使用情況和潛在市場前景。胡信年認為，新疆大學社是新疆唯一的大學社，應首先將工作定位在為全疆40多所高職高專以上高校的教學與科研服務上，應主動去找市場、爭市場。此外，新大社今后在少數民族雙語及外語教育、地方和民族特色教材開發及新疆（西域）地方歷史、地理、文化、宗教、民族、旅游、經濟、文化等人文社科類圖書出版領域是可以有所作為的。

新疆大學出版社的經營業務范圍主要是科學教育圖書出版、發行及資料翻譯等。