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以TMV為模式建立基于宏基因組學(xué)的植物病毒檢測方法
關(guān)鍵詞：宏基因組學(xué) 植物病毒 tmv 雙鏈rna 病毒類似顆粒
摘要：用感染煙草花葉病毒（TMV）的煙株做陽性對照，提取dsRNA，采用隨機(jī)引物擴(kuò)增、高通量測序方法進(jìn)行了序列分析。PCR產(chǎn)物宏基因組測序結(jié)果顯示：TMV的檢出頻率為99．84％；屬水平分類和豐度統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示：，Ib．bamovirus占99．913％，成功建立了以植物病毒dsRNA提取與高通量測序相結(jié)合的植物病毒探測方法。按照病毒類似顆粒提取的方法對感染TMV的煙株提取病毒類似顆粒，獲得TMV病毒粒子，從中提取RNA，應(yīng)用TMV特異引物，進(jìn)行RT—PCR，結(jié)果顯示：擴(kuò)增產(chǎn)物序列與TMA序列同源性為99％。結(jié)果表明：用該病毒類似顆粒抽提方法能成功提取TMV病毒粒子及RNA，滿足宏基因組分析要求。應(yīng)用本研究構(gòu)建的dsRNA及病毒類似顆粒的方法，提取20個(gè)表現(xiàn)植物病毒病癥狀的植物樣本dsRNA與病毒類似顆粒的DNA，核酸檢測質(zhì)量較好，成功檢測到10多種植物病毒。所構(gòu)建的方法為宏基因組技術(shù)探測農(nóng)業(yè)栽培區(qū)及非耕作區(qū)植物病毒種群與生態(tài)適應(yīng)奠定了基礎(chǔ)。
云南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)·自然科學(xué)雜志要求:
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