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TCGA數(shù)據(jù)庫中不同種族肝細(xì)胞癌相關(guān)lncRNAs的篩選及功能預(yù)測
關(guān)鍵詞：肝細(xì)胞癌 長鏈非編碼rna tcga cerna 生存分析
摘要：目的lncRNAs在不同種族肝細(xì)胞癌中的表達(dá)異同目前并不明確。文中旨在分析TCGA數(shù)據(jù)庫中黃色人種、白色人種和黑色人種肝細(xì)胞癌共有和特有l(wèi)ncRNAs差異譜并預(yù)測其功能和調(diào)控機(jī)制。方法通過對黃色人種、白色人種和黑色人種的HCC患者的癌和癌旁組織進(jìn)行差異分析得到各自的差異的lncRNAs,并比較3個(gè)人種差異lncRNAs基因譜情況,用韋恩圖找出3個(gè)人種共有的差異lncRNAs。并對篩選出的差異lncRNAs進(jìn)行生存分析、ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和靶基因預(yù)測并對靶基因行GO、KEGG富集分析和轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測,從而預(yù)測其調(diào)控機(jī)制。結(jié)果3個(gè)人種共有的肝細(xì)胞癌差異lncRNAs 49個(gè),白色人種和黑色人種重疊基因21.5%,白色人種與黃色人種、黑色人種與黃色人種差異lncRNAs重疊率僅為7.8%和5.8%。3個(gè)人種共有的LINC01224可預(yù)測到靶基因,行GO富集分析顯示,其功能和DNA復(fù)制、轉(zhuǎn)位、基因表達(dá)調(diào)控、表觀遺傳、miRNAs基因沉默及RNA轉(zhuǎn)錄后基因沉默等有關(guān);KEGG分析顯示,LINC01224和細(xì)胞周期調(diào)控、DNA復(fù)制相關(guān)。白色人種生存相關(guān)的的11個(gè)lncRNAs基因中未預(yù)測到靶基因。黃色人種肝細(xì)胞癌生存相關(guān)的6個(gè)lncRNAs中,AC093609.1的靶基因通過GO富集后結(jié)果顯示,其功能和離子通道活性如鈣通道活性、被動(dòng)跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白活性有關(guān);KEGG結(jié)果顯示其參與心肌病、心肌細(xì)胞腎上腺素能等信號通路的調(diào)控;AC126118.1的靶基因通過GO富集后發(fā)現(xiàn),其靶基因和多種代謝功能相關(guān);KEGG結(jié)果也顯示其參與脂肪酸降解、ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、氨基酸代謝等信號通路。結(jié)論白色人種和黑色人種lncRNAs表達(dá)譜相似性較高,而黃色人種和白色人種、黑色人種差異較大,其中3個(gè)人種共有的LINC01224可能參與了調(diào)控腫瘤生長;黃色人種特有l(wèi)ncRNA(AC093609.1、AC126118.1)在腫瘤代謝等方面起了重要作用,為后續(xù)肝細(xì)胞癌的基因驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)和功能研究奠定了基礎(chǔ)。
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